堆垛機的安全包括人的安全、設備的安全、存儲貨物的安全。

設備檢測到巷道有人行走（或自身開關檢測到、外部站點通知到）就會快速調整到零速度，直至巷道無人時，設備重新以低速啟動完成被中斷的任務。

設備本身要有互鎖功能，保證運行電機和叉體電機不會同時運轉，在軌道起始端和末端，也需要相應保護措施。這些功能涉及到排除重大安全隱患，不僅需要程序保護，還需要電氣線路互鎖。

對于存儲貨物的安全，需要檢測物料在運行中是否堆放整齊，可根據實際需要和成本控制設計光柵檢測、對射開關檢測等。

以上功能均需要在程序設計或電路設計中加以體現。而對于多路安全檢測功能，則需要多路安全檢測能夠獨立地起作用。任意一路起作用，都能停止設備運行或做出保護動作。

程序設計完成之后，需要單獨的測試程序以檢測這些功能是否具備，同時還要測試程序保護功能失效后電氣保護裝置能否發揮作用。