但環保部政策法規司相關人士坦承，目前環境保護法律體系最大的問題“不是立法滯后，而是執行不力。”對此，中華環保聯合會秘書長顧問呂克勤也指出，違法成本低使得企業生產成本轉移到社會環境成本中，一些違法企業更將行政罰款當作對非法排污的認可。呂克勤呼吁，將環境執法部門的執法權限以法律形式固定下來，消除其他政府部門、個人或團體對環境執法的干涉。

而一位參與新環保法修訂的法學家告訴記者，據一些基層企業反映，涉及污染物減排、環境違法、環境影響評價、環保技術改造、環保宣傳等不同業務，地方上有總量處、環監局、環評處、技術處、宣教處等六七個處輪番到企業檢查指導，導致企業疲于奔命。“環保部門不能只注重執法權擴大，還應將不同業務部門的執法權整合到一個平臺。”他說。